嘉義魚市場創立於日治時期大正11年(1922年)，原係位於西市場內之市營魚市場，後遷往嘉義市民族路舊市場營運。
民國40年依照農產品批發市場管理規則，由嘉義市公所、台灣省漁會合組市場管理委員會；民國46年再遷至康樂街；後又因面積不敷使用，遂由中央補助級地方籌措硬體建設經費。
嘉義魚市場現址位於「嘉義市農漁產運銷物流中心」，在高鐵大道與埤竹路口，鄰近國道一號中山高速公路交流道下，交通十分便捷，104年10月8日遷至現址經營。
本市場於民國38年3月正式設立，原位於北興街，佔地約800餘坪，二戰結束前名稱為嘉義市中央市場，二戰後由嘉義市政府收回經營，成立嘉義市果菜批販市場管理處；民國 44年台灣省蔬菜批發市場管理規則公佈後，於同年11月由嘉義縣政府、嘉義市公所、嘉義縣、市農會合組成立嘉義市果菜批發市場管理委員會；民國47 年委託嘉義市農會經營；民國69年12月再由嘉義市公所及嘉義市農會合併改組，成立嘉義市果菜市場管理委員會經營；民國71年元月遷入位於博愛路佔地約1公頃之舊址營運；民國 81 年7月辦理改組為法人組織，由嘉義市政府、市農會及嘉義果菜運銷合作社合資，成立嘉義市果菜市場股份有限公司營運迄今；因博愛路舊址規畫為林務局林業公園，市政府遂向營建署爭取經費補助建設現址做為「嘉義市農漁產物流中心」，民國104年10月8日遷至現址經營。
嘉義市肉品市場股份有限公司係由嘉義市政府、嘉義市家畜肉品販運商行、嘉義縣農會及嘉義市農會等四個單位於民國74年10月共同出資成立，分別由嘉義市政府持有49％股份、嘉義市家畜肉品販運商行持有33％股份、嘉義縣農會持有17％股份、嘉義市農會持有1％股份，採民營公司組織型態經營。
1990年6月30日開始營運時，僅實施毛豬拍賣。1992年獲得農委會及省政府補助，繼續辦理電宰館後續工程與冷藏冷凍設備，全部工程於1994年完工，成為符合現代化一貫作業設備之肉品市場。
