嘉義市果菜市場於民國38年設立,原位於北興街,名稱為嘉義市中央市場,光復後由嘉義市公所收回經營,成立嘉義市果菜批販市場管理處。
民國44年台灣省蔬菜批發市場管理規則公佈後,由嘉義縣政府、嘉義市公所、嘉義縣、市農會合組成立嘉義市果菜批發市場管理委員會;民國47年改稱為嘉義市果菜市場,並委託嘉義市農會經營;民國69年12月再由嘉義市公所及嘉義市農會合併改組,成立嘉義市果菜市場管理委員會經營;民國71年1月遷入博愛路現址營運。
至民國81年改組為法人組織,由嘉義市政府、嘉義市農會及嘉義果菜運銷合作社共同成立嘉義市果菜市場股份有限公司,分別由嘉義市政府持有51%股份、嘉義市農會持有43%股份、嘉義果菜運銷合作社持有6%股份,為公營公司組織型態。